之前播放的動漫版《萌菌物語》雖然看上去是一個不起眼的動漫，但以其獨特的劇情，還是得到了不少動漫迷的喜愛，真人版日劇也即將開播，雖然主角中村優(yōu)一的人氣一直不溫不火，希望這次的出演能使他以后的道路更加平坦。 　擁有用肉眼看見“菌”能力的少年澤木直保和青梅竹馬結城螢進入農業(yè)大學所發(fā)生一連串的趣事，透過直保和其他人物的互動可以了解許多跟菌相關的知識，也因為直保的特殊能力而招惹許多事情……